理论

阅读经典:微生物学中的开创性论文

听说最近新型冠状病毒(SARS-CoV-2)已经成功横渡英吉利海峡,从伦敦的希思罗机场入境,在英国蔓延开来。虽然现在欧洲的新冠肺炎(COVID-19)疫情并不在许多传染病模型的预测之外,但是当病毒终于从遥远的祖国来到自己身边的时候,还是能感受到全球化时代“地球村”的紧密。为了不给祖国人民添乱,我就准备坚守伦敦,拒病毒于家门之外——有种快要打仗的感觉呢!取消了周末出游的行程,尽量选择在人少的时候错峰出行,准备了一些解表的感冒药(如果自己被感染了,大概率会是像重感冒一样的表现吧)和能吃两周的食物(以防被要求在家隔离的情况),不参加非必须的聚会,多走路少乘公交,多吃水果,早睡早起,勤洗手——在保护自己的同时,也算是主动减轻社会防疫的压力吧。1 据说现在一个人的智商等于100减去家里卫生纸卷的数量,我自然是不敢屯卫生纸的。周末宅在家里,晒着难得的初春暖阳,正好可以读书写文。

系统演化树重建的贝叶斯方法:基本原理

在分子系统演化学(molecular phylogenetics)领域,贝叶斯系统演化学(Bayesian phylogenetics)是在20世纪90年代末,借助于计算机技术和算法的进步而发展起来,并且得到广泛应用的一种方法论1。在此,我对该方法的基本原理做一个简明扼要的总结。作为初学者,本文难免存在谬误,欢迎读者指正。对系统生成树重建感兴趣的读者,不妨阅读文末的参考文献。